Organiskā vaniļa parasti attiecas uz vaniļas pupiņām, kas audzētas, izmantojot bioloģiskās metodes, vai vaniļas ekstraktu, kas izgatavots, izmantojot šādas pupiņas un ievērojot turpmākas bioloģiskās vadlīnijas. Lai gan uzņēmums potenciāli var apgalvot, ka vaniļa ir bioloģiski audzēta, vairumam uzņēmumu valsts aģentūra ir sertificējusi vaniļu kā bioloģisku. Ar šādu sertifikāciju nodarbojas dažādas aģentūras dažādās valstīs; ASV ar to parasti nodarbojas Pārtikas un zāļu pārvalde (FDA). Organiskā vaniļa parasti jāaudzē, neizmantojot neorganisku mēslojumu, un pesticīdu un citu ķīmisko vielu izmantošana šādas vaniļas audzēšanā un apstrādē parasti ir aizliegta.
Ikvienam, kas vēlas iegādāties bioloģisko vaniļu pupiņu vai ekstrakta veidā, jāapsver iespēja sertificēt jebkuru uzņēmumu, kas pārdod šādu vaniļu. Vaniļas pupiņas var audzēt daudzās dažādās valstīs dažādās pasaules daļās; lielie uzņēmumi, kas izplata vaniļas pupiņas vai ekstraktu, bieži saņem vaniļu no daudzām mazām saimniecībām. Tas daudziem uzņēmumiem var apgrūtināt šādu saimniecību audzēšanas un pārstrādes metožu kontroli un uzraudzību. Tā kā šīs saimniecības atrodas arī dažādās valstīs, dažas valdības aģentūras, kas pārrauga bioloģiskās vaniļas sertifikāciju, šajās valstīs var nebūt.
Tas nozīmē, ka pienācīga lauksaimniecības prakses pārbaude bioloģiskās vaniļas sertificēšanai var būt diezgan sarežģīta, tāpēc ikvienam, kas vēlas iegādāties šādu vaniļu, ir jābūt uzmanīgiem. Lielākā daļa uzņēmumu sniedz informāciju par to, kā tiek sertificēta viņu pārdotā vaniļa, tostarp sertifikācijas veids un sertifikācijas aģentūras nosaukums. Valdības aģentūras, kas sertificē bioloģisko pārtiku, piemēram, FDA, bieži sniedz informāciju par šādām sertifikācijas procedūrām, izmantojot internetu vai sazinoties ar aģentūru. Tas ļauj cilvēkiem vieglāk salīdzināt dažādus organiskās vaniļas veidus, lai nodrošinātu, ka iegādātā vaniļa atbilst viņu cerībām.
Organisko vaniļu parasti audzē, izmantojot tikai bioloģiskus produktus un nepievienojot ķīmiskas vielas vai skarbus pesticīdus. Mēslojumu bioloģisko produktu ražošanai var neizmantot vispār, lai gan daži audzētāji var izmantot tikai dabisko un organisko mēslojumu, lai nodrošinātu veselīgu zemes apsaimniekošanu, neieviešot potenciāli kaitīgas ķīmiskas vielas. Pesticīdi bieži ir galvenais pretrunu avots starp audzētājiem un patērētājiem, un lielākā daļa bioloģisko audzētāju neizmanto pesticīdus vai izmanto tikai organiskos pesticīdus, kas viegli nomazgājami no pārtikas. Organiskās vaniļas pupiņas pēc tam žāvē un apstrādā bez citām neorganiskām piedevām, un bioloģiski ražotā vaniļas ekstraktā ekstrakta iegūšanai izmanto tikai organisko spirtu.